A direção do colégio teve início com o Irmão Paulo Schaefer, que permaneceu até o primeiro semestre de 1963. Em junho do mesmo ano, Irmão Jerônimo Schwabe assumiu o cargo até dezembro de 1968. Já em janeiro de 1969, Irmão Pedro Celestino Maranto assumiu a mais longa e significativa gestão, influenciando a formação da escola até os dias atuais. A partir de 1996, a direção do Notre Dame passou para educadores leigos, comprometidos com o Projeto Educativo da Congregação.
Diretores
Paulo Schaefer
De 1961 a 1963
Pedro Celestino Maranto
De 1969 a 1995
Maria Stella Rogê Ferreira Grieco
De 1998 a 07/2000
Geraldo Lisboa Campos
De 2008 a 2009
Jerônimo Schwabe
De 1963 a 1968
Jamil Cury Sawaya
De 1996 a 1997
Alda Lúcia Lousada Dias
De 08/2000 a 2007
Lorenço Jungklaus
De 11/2009 até os dias atuais